Альтернативная реальность, соответствующая началу XX века. В руках девочки по имени Сита находится Летающий Камень. За ним охотятся агенты правительства и пираты, потому что Камень представляет огромную ценность. Пытаясь скрыться от преследователей, Сита встречает Пазу, своего ровесника, работающего в шахтерском городке. Вместе дети выясняют, что Камень — ключ к таинственному летающему острову Лапуте…

Постапокалиптическое будущее. Обитатели Земли, нерационально использовавшие природу, поплатились за свои грехи: теперь окружающая среди стала практические непригодной для жизни, и люди вынуждены были перекочевать в леса, где обитают опасные животные и растут ядовитые растения. Кажется, что надежды уже не осталось, но принцесса Навсикая, дочь правителя, решает объединить людей, чтобы бороться за умирающую планету…