Действие анимационного фильма разворачивается в будущем, когда Британская Империя захватила больше половины земли, в том числе и Японию, которая теперь носит название «11 сектор». Главный герой Лелуш Ламперуж, наследник императорской семьи, в ходе войны остаётся сиротой, и его ссылают в «11 сектор» учиться в академии местных аристократов. Но неожиданно он оказывается втянут в атаку японских повстанцев, в ходе которой встречает таинственную девушку по имени С.С. Спасая Лелуша от смерти, она передаёт ему великий дар, который называется «Гиас», с помощью которого можно подчинять волю людей. Герой, разобравшись что к чему, встаёт на борьбу с Империей, желая отомстить за смерть родителей.

На Земле остаётся только два государства, которые находятся на грани войны. Но когда на планету вторгаются пришельцы – безжалостные роботы, уничтожающие всё на своём пути, – им приходится объединиться. Чтобы победить незваных гостей, которых не берёт ничего, лучшие учёные Земли создают чудо-оружие. Этим новейшим изобретением могут управлять только молодые девушки, обладающие магией. Эти хрупкие девушки – последняя надежда человечества.

Цукунэ Аоно проваливает вступительные экзамены в старшую школу. Парень просто в отчаянии, ведь все его друзья поступили. Неожиданно он натыкается на объявлении о наборе учеников в Призрачную Академию, куда берут с любыми оценками. Не веря своему счастью, Цукунэ тотчас отправляет туда свои документы. Но когда за героем приезжает школьный автобус, а затем ныряет в портал, он понимает, что здесь что-то не так. Вскоре парень понимает, что попал в школу для нечисти. Первым его желанием было удрать куда подальше из этого жуткого места, но Цукунэ встречает привлекательную и милую девушку, которая тоже новичок в этой школе и ищет друзей. Очарованный её красотой герой решает остаться, но и у такой девушки есть своя тайна, которую хранит крест, висящий у неё на груди.