2027-ой год. Прошёл ровно год после того, как закончилась неатомная Четвёртая мировая война. Мир нарушает взрыв бомбы. Происшествие начинает расследовать Мотоко Кусанаги.

2027-ой год. Во время взрыва бомбы в Ньюпорт-Сити погибает торговец оружием, связанный с организацией 501. Сотрудник службы безопасности обращается за помощью к Мотоко Кусанаги, чтобы разобраться в этом деле. Тогуса же считает, что Кусанаги сама является преступником, а его расследование убийств проституток связано с этим взрывом.

Прошло 6 месяцев после событий сериала. Акира пропал оставив напоследок только прощальное сообщение для Саки. О том что будет её ждать «там где всё началось». Собрав вещи Саки отправляется в Нью-Йорк на встречу новым приключениям. Так начинается новая глава этой захватывающей и неповторимой истории, где наши герои вновь сразятся с оставшимся Селесао ради спасения Японии.