21-й век стал последним в жизни многих крупнейших городов мира. Добрый десяток всяческих гигантских монстров на куски разнес Париж и Сидней, Нью-Йорк и Шанхай.Организация Объединенных Наций срочно собирается для обсуждения главного вопроса: как уцелеть в этой жуткой схватке с чудовищами… И тут совершенно неожиданно к Земле приближается огромный летающий объект, представители которого сообщают, что нашей планете осталось существовать вполне определенный и очень короткий срок.Потому что из глубин космоса к Земле летит комета, после столкновения с которой наступит натуральный конец света… А между тем во льдах Антарктиды спит мирным сном Годзилла…

Макико Учида прибывает в порт Южной Японии, в надежде найти судно, которое может отвезти её к месту где обрёл покой корабль Императорских Военно-Морских Сил Японии — Ямато 60 лет тому назад. Дело в том, что она дочь пропавшего без вести офицера этого корабля. Неожиданно встретив друга своего отца она узнаёт давнюю историю о сражении за Окинаву…