Действие фильма происходит в 2077 году. За 10 лет до этого Япония вышла из ООН и отгородилась от мира магнитным полем. Поводом для этого послужила резолюция ООН, которая запретила дальнейшее развитие робототехники и биотехнологий, угрожающих существованию человечества.И вот правительство США посылает в Японию спецподразделение SWORD под командованием женщины по имени Vexille. Задание — узнать, что за эти 10 лет случилось в Стране Восходящего Солнца, где запретные науки развивались абсолютно бесконтрольно. Однако оказывается, что тайны одна за одной скрывают другую и все это ведет к драматическому финалу…

Обрушившееся на Землю катастрофа названная «Вторым Ударом» погубила большую часть человечества. После многих лет ушедших на восстановление после этого ужасного бедствия, на человечество неожиданно нападают загадочные существа, называемые Ангелами. 14-летний подросток, Икари Синдзи, получает от отца, являющегося командующим секретной военной организации Nerv, приглашение в город-крепость Токио-3. Во время первого нападения Ангела, когда Синдзи прибывает в Токио-3 — отец требует от него, чтобы тот немедленно приступил к пилотированию Евангелиона, — человекоподобного робота, разработанного в режиме секретности. Синдзи испуган и отказывается сесть в машину. Но видя, что единственным человеком способным пилотировать её оказывается тяжело раненая Рэй Аянами, Синдзи соглашается занять место пилота.

Гинко, странствующий доктор, специализируется на мистических существах, которые называются Муси. Путешествуя по всем регионам Японии, он находит следы этих загадочных существ и исцеляет людей, которые имели опыт общения с ними.

Старшеклассник Коисо Кенджи, одарённый математическим даром, принимает приглашение от девушки на поездку к её семье. Если бы он только знал чем всё закончится. Сначала ему неожиданно приходится играть роль парня этой девушки перед её родственниками. Потом у него крадут аккаунт к стране Оз (своеобразная виртуальная реальность, в которой не только играют и развлекаются, но и ведут вполне серьёзные дела, вроде покупки товаров и ведения бизнеса). Далее события катятся как снежный ком. В итоге этой парочке старшеклассников придётся стать спасителями миров (реального и виртуального), и заодно спасти себя и близких от гибели.