Мотоко Кусанаги, Бато и другие сотрудники 9-го отдела начинают охоту на танк, который самовольно покинул военный полигон, а также проводят расследование серию загадочных самоубийств андроидов старых моделей. После смерти друга Тогусы агенты нападают на след таинственного хакера, известного под именем Смеющийся Человек.

2034-ый год. Минуло 2 года после того, как Мотоко Кусанаги покинула 9-ый отдел. Тогуса — новый руководитель команды, в которой изрядно увеличилось количество персонала. Оперативники сталкиваются со множеством сложных инцидентов и приходят к выводу, что за всеми ними стоит хакер по имени Кукольник.

9-ый Отдел Общественной безопасности против своей воли втягивается в политический заговор, в котором правят закулисные игры и герои, поклоняющиеся фальшивым идеалам.

Коконэ очень любит спать. В каком бы месте она не засыпала, девочке всегда снится один и тот же сон про принцессу Ансьен, владеющая магией. Принцесса очень похожа на Коконэ, а королевство, в котором её высочество живёт, на родной город героини. Коконэ считает, что её сны имеют влияние на её жизнь, и однажды получает тому подтверждение.

Прошло 6 месяцев после событий сериала. Акира пропал оставив напоследок только прощальное сообщение для Саки. О том что будет её ждать «там где всё началось». Собрав вещи Саки отправляется в Нью-Йорк на встречу новым приключениям. Так начинается новая глава этой захватывающей и неповторимой истории, где наши герои вновь сразятся с оставшимся Селесао ради спасения Японии.

Неожиданно в самых больших городах мира одновременно рушатся все небоскрёбы. Жестокая атака террористов повергает всех в панику. Доктор Гилмор, создатель девяти киборгов, которые в прошлом спасли мир от гибели, решает снова собрать старую команду и сразиться со злоумышленниками.