2027-ой год. Во время взрыва бомбы в Ньюпорт-Сити погибает торговец оружием, связанный с организацией 501. Сотрудник службы безопасности обращается за помощью к Мотоко Кусанаги, чтобы разобраться в этом деле. Тогуса же считает, что Кусанаги сама является преступником, а его расследование убийств проституток связано с этим взрывом.

Главный герой почти никому не известный бог Ято мечтает прославиться и стать одним из самых влиятельных божеств Японии. Однажды девушка по имени Хиёри Ики бросается под колёса машины, чтобы спасти Ято, не подозревая о его божественных силах, в результате чего она застревает между мирами живых и мёртвых. Героиня обращается к богу за помощью, чтобы он всё вернул на свои места, но Ято соглашается при одном условии, что Хиёри поможет ему прославиться.