Через два года после того, как Вилли выпускают из парка развлечений на волю, Джесси живёт в новой семье. На лето они едут к побережью, где Джесси узнаёт о смерти своей родной матери. Эта новость расстраивает мальчика, он грустит на берегу океана, играя на губной гармошке. На эти звуки приплывает его старый и любимый друг - косатка Вилли. Но радостная встреча омрачена угрозой, исходящей от севшего на мель и разливающего нефть танкера. Вилли снова нуждается в помощи Джесси.

Капитан китобойного судна Джон Уэсли видит в китах лишь хороший источник дохода. Он берёт на охоту своего сына Макса, чтобы показать ему своё "мастерство". Макс не в восторге от работы своего отца, но сказать это прямо он не в силах. Однако охота оборачивается побегом от разъяренного кита, атакующего китобойное судно. Лишь доброта Макса спасает китобоя и его судно от гибели.