Джо Армстронг, 18 — летний рядовой филиппинского отряда армии США, сопровождает военный конвой, который подвергается нападению бандитов. В одном из них Джо узнает черного воина — ниндзя. Обороняясь, он инстинктивно начинает использовать технику ниндзюцу.Эта неожиданно проявившаяся способность вызывает подозрение у командира его отряда и остальных солдат. Распутывая паутину темных интриг, Джо остается один в битве с окружающей его коррупцией. В конце концов, в глубине непроходимых джунглей, Джо раскрывает тайну собственного прошлого, тайну, ведущую его к последнему бою со зловещим предводителем Черных Ниндзя.

Действие происходит на острове Святого Томаса в Карибском море, куда американский наемник Джо Армстронг и сержант Кертис Джексон прибывают для расследования таинственного исчезновения группы морских пехотинцев.Очень скоро они натыкаются на следы чудовищной операции с наркотиками, руководимой могущественным наркодилером по прозвищу Лев. Он похитил пехотинцев, чтобы с помощью генетики создать из них бойцов — ниндзя.Пара искателей приключений, на помощь к которым приходит дочь местного ученого Алисия Санборн, сражаются со Львом и его армией ниндзя, чтобы навсегда разрушить его дьявольскую империю…

Бывший полковник, садист и убийца, тренирует террористов и ниндзя шейха из какого-то арабского государства, задумавшего взорвать Нью-Йорк при помощи изготовленной в тайной лаборатории миниатюрной атомной бомбы. Команда подразделения «Дельта», посланная уничтожить злодеев, потерпела поражение, а оставшиеся в живых стали заложниками.Полицейского-ниндзю вместе с напарником посылают с заданием обезвредить маньяков. В самый тяжелый момент к нашим героям присоединится самый первый и главный американский ниндзя. Вместе они разносят на куски целую армию ниндзя и прочих бандитов.

Шон Дэвидсон, потерявший родителей и воспитанный учителем-японцем в традициях ниндзя, приезжает на международный турнир каратэ. Злоумышленники разрабатывают здесь в секретной лаборатории смертоносный вирус, чтобы испытать его на победителе чемпионата. Но американский ниндзя и двое его друзей сокрушают лабораторию, спасая мир.