Двойная жизнь тяготит Питера Паркера, и ради собственной счастья он решает убрать костюм Человека-паука подальше в шкаф и начать жить обычной нормальной жизнью. У него прекрасные отношения с Мэри Джейн и блестящие успехи в учёбе. Однако его лучший друг Гарри Озборн, ставший Зелёным Гоблином всё равно жаждет мщения, а над городом вновь нависла угроза в виде Песочного Человека. Тем не менее это не самые страшные противники Питера, самым серьёзным его врагом станет его собственная тёмная сторона.

Таксисту Джеку Бруно не особо везло в жизни. Однако всё изменилось, когда к нему в машину сели дети, спешащие скрыться от погони. Сэт и Сара оказались необычными людьми с впечатляющими способностями, но тем не менее без помощи Джека им не выжить.

1957 год. Профессор Джонс теряет свою давнюю возлюбленную - Мэрион Рэйвенвуд. Оказывается ее похитили советские агенты, под предводительством Ирины Спалько. Чтобы вернуть Мэрион, Джонсу придётся помочь советской разведке в поисках Хрустального черепа.