Сила Нео растёт. Теперь он может использовать её не только в Матрице, но и в реальном мире, а также может отделять сознание от тела. В результате этих экспериментов он застревает на станции между мирами. Тем временем Зион готовится к решающему сражению с машинами. Их шансы на победу минимальны, поэтому все ждут Нео - избранного, способного спасти людей. Однако никто неподозревает, что в войне участвует третья сторона, чья цель уничтожить оба мира.

Томас Андерсон всегда жил двойной жизнью. Днём он был обычным программистом, а по ночам - известным хакером Нео. Нео всегда задавался вопросом: что реально в этом мире, однако истину он даже представить себе не мог. Однажды он знакомится с Морфиусом - великим хакером и террористом в глазах правительства. Морфиус рассказывает Нео, что всё, что он знал в жизни - это лишь иллюзия, а мир - это искусственно созданная Матрица, и показывает ему настоящую реальность.

Действие происходит в альтернативном мире. После того, как смертельный вирус поверг в панику население Великобритании, диктатор устанавливает в стране тоталитарный режим. Революционер по имени «V» начинает свою борьбу за свободу, привлекая на свою сторону всё население Лондона.

Прошло полгода после того, как Нео впервые попал в реальный мир. Все больше и больше людей освобождаются от Матрицы и прибывают в Зион - последний свободный город людей. Нео открывает в себе сверхспособности, способные помочь ему в войне с машинами. Неожиданно жители Зиона узнают, что 250 000 машин делают подкоп под городом и ворвутся в него в течение 72 часов. Зион готовится к войне, а Нео, Морфиус и Тринити отправляются на поиски Ключника...

Земляне живут под наблюдением более развитых существ, во главе которых стоит Королева Вселенной. Эти существа развиваются за счет ДНК других, выделяя и усиливая определённые качества. Солдаты наращивают бесстрашие и силу за счёт ДНК волков, а рабочие становятся более трудолюбивыми и усердными от ДНК пчёл. Героиня фильма работает уборщицей и даже не подозревает о том, что её ДНК настолько же совершенна, как и у Королевы Вселенной, о существовании которой героиня тоже не знает. Но Королева Вселенной знает об уборщице и видит в ней прямую угрозу своей власти. Хозяйка мира посылает головореза, чтобы тот избавился от уборщицы. Но сделать это не так просто, потому что миром правят силы более влиятельные, чем Королева Вселенной.

Шесть историй, которые таинственно связаны друг с другом. Все они о шести реинкарнациях одной души, рождённой в нашем мире в разные временные отрезки.

Спиди - молодой автогонщик, который мечтает о славе. Он мечтает стать лучшим на треке с помощью своей быстрой и мощной машины «Мак-5».