Фильм рассказывает о девушке по имени Асуна, коротающей дни за прослушиванием таинственной музыки, исходящей из кристалла, доставшегося ей в память об отце. Девушка решает отправиться в путешествие, чтобы встретить друга, которого она давно не видела.

Такао Акидзуки мечтает стать дизайнером обуви. Прогуливая школу, в один из дождливых дней он укрывается в беседке, где встречает молодую привлекательную женщину. Каждый раз они случайно сталкиваются в одном и том же месте – в беседке во время дождя. Герои понемногу начинают общаться, не зная ни имени друг друга, ни возраста, они просто наслаждаются общением, ожидая окончания ливня, после которого каждый из них пойдёт по своим делам.

Согласно альтернативному варианту развития истории, после поражения во второй мировой войне Япония оказалась разделённой между союзниками — северный остров Хоккайдо аннексировал Советский Союз, а Хонсю и другими южными островами овладели американцы.Советы начали сооружать в своей зоне оккупации загадочное сооружение — башню столь исполинских размеров, что трое товарищей-старшеклассников с американского Хонсю, гуляющих вместе в пору школьных каникул, могли отчётливо видеть её контуры, возносящиеся в заоблочную высь. Друзья дали друг другу зарок, что однажды они построят аэроплан и раскроют секрет гигантской башни…

Действие анимационного фильма происходит в Академия Кросс – закрытой школе-интернате, в которой есть деление на Дневной и Ночной классы. Старосты Дневного класса — Юуки Кросс, которая приходится приёмной дочерью директора, и Зэро Кирию, сирота, чьи родители погибли от рук высшего вампира — следят за тем, чтобы соблюдался порядок среди учеников и пресечь все контакты Дневного класса с Ночным. Только им двоим известно, что после захода солнца в школе преподают уроки для вампиров, поэтому крайне важно сохранить их тайну.