Тёмная сторона Луны скрывает множество секретов, способных уничтожить нашу планету. Пока земляне переживают драмы: Сэм потерял Микаэлу, правительство выпускает законодательный акт о выселении Автоботов с Земли, десептиконы готовятся нанести решающий удар.

Действие происходят в Лос-Анжелесе в 1950 годы, где царит коррупция среди полиции. В ресторане происходит массовое убийство, за которым, возможно, стоит мафиози Мики Коэн. Три совершенно разных полицейских начинают расследовать это дело.

Через 200 лет после событий на планете-тюрьме учёные клонируют Элен Рипли, чтобы получить Королеву Чужих. Однако ДНК Элен смешивается с инопланетной ДНК и в итоге получается нечто, откладывающее яйца, с характеристиками человека и пришельца. Это нечто вскоре вырывается из лаборатории и захватывает весь научно-исследовательский корабль «Аурига». Ситуация выходит из под контроля.