Согласно легенде, когда-то давно сам святой Михаил спустился с небес, чтобы защитить от дракона жительниц небольшой деревеньки, расположенной на острове посреди моря. В память о том знаменательном событии и была учреждена престижная католическая академия святого Михаила, воспитывающая «образцовых» девушек. Спокойной жизни её обитательниц пришёл конец, когда на острове появилась новая ученица Фумио.

Старшеклассник Лайт Ягами находит тетрадь. Внутри он находит инструкцию, которая гласит, что это тетрадь бога смерти и тот, чьё имя будет в ней записано, умрёт. Заинтригованный герой решает проверить правда ли это, занеся в тетрадь имя преступника, которого показывали в новостях. Обнаружив, что тетрадь смерти подлинная, Лайт решает взять на себя ответственность по уничтожению всех преступников, незаметно для себя становясь убийцей.