Сюжет разворачивается в двух мирах — реальном и паралельном, который называется Гайя. Обыкновенная девушка из Токио, Канзаки Хитоми, попадает в Гайю, следуя зову принца Фалкона — главы клана Черного Дракона. Необъяснимо каким образом Хитоми оказывается внутри мифического доспеха Эскафлона, который, по приданию, должен спасти Гайю от зла. В то же время группа повстанцев, возглавляемая загадочным Алленом, ведет скрытую борьбу с кланом Черного Дракона, надеясь возродить Гайю и вернуть на трон законного короля. Ван Сланзар де Фанел — последний из рода Дракона, настоящий король, выбранный оракулом, но пострадавший от жажды власти своего брата Фалкона.Противостояние между двумя силами — это не просто битва, скорее, это вечная война, которая исцеляет и разрушает одновременно. Здесь же ведется борьба с самим собой, которая со временем изменяет мировоззрение Вана и Хитоми.

Действе фильма происходит в 2071 году. В ходе террористический бомбардировки был высвобожден смертельный вирус, который погубил многих. Правительство назначило неимоверное вознаграждение тому, кто сможет поймать виновника. Команда охотников за головами космического корабля «Бибоп» берутся за это расследование, в надежде найти преступника и отдать его в руки правосудия. Но не только они ведут эту охоту.

Существует легенда, согласно которой путник, следующий за ароматом Лунного цветка, попадёт в рай. Однако этот запах обнаружит себя не раньше, чем в конце времён. Четыре разных по характеру волка, которые могут оборачиваться людьми, принимают решение найти врата в вечную жизнь.

Четыре волка, способные оборачиваться людьми, отправляются в путь, чтобы отыскать запах таинственного Лунного цветка. Его аромат способен привести странника к райским вратам. Однако пророчество гласит, что он появится только тогда, когда миру будет приходить конец.