Сила Нео растёт. Теперь он может использовать её не только в Матрице, но и в реальном мире, а также может отделять сознание от тела. В результате этих экспериментов он застревает на станции между мирами. Тем временем Зион готовится к решающему сражению с машинами. Их шансы на победу минимальны, поэтому все ждут Нео - избранного, способного спасти людей. Однако никто неподозревает, что в войне участвует третья сторона, чья цель уничтожить оба мира.

Сериал на акутальную тему XXI века - собственный стартап в сфере высоких технологий. Ребята-ботаники, как назвали бы их в конце ХХ века, развивают свою наспех созданную компанию, решая бесконечные проблемы роста. Теперь таких называют гиками или IT-шниками. Они странные, выглядят заторможено и иногда просто нездоровыми, но именно они творят чудеса в виртуальном пространстве, в которое всё сильнее погружаются жители планеты, задавая направление развития IT-технологий. А началось всё с того, что один из создателей этой компании разработал алгоритм распознавания музыки, который оказался настоящим прорывом, что привлекло сразу двух богатых инвесторов, готовых вложить в компанию бешеные деньги.

Ангелы живут рядом с нами. Каждый день они незримой тенью следуют с людьми, помогая, выслушивая и направляя их. Однако они не могут чувствовать, только наблюдать, в противном случае они теряют свои крылья. Сет - ангел, влюбившийся в земную женщину. Готов ли он потерять всё ради неё?

Прошло полгода после того, как Нео впервые попал в реальный мир. Все больше и больше людей освобождаются от Матрицы и прибывают в Зион - последний свободный город людей. Нео открывает в себе сверхспособности, способные помочь ему в войне с машинами. Неожиданно жители Зиона узнают, что 250 000 машин делают подкоп под городом и ворвутся в него в течение 72 часов. Зион готовится к войне, а Нео, Морфиус и Тринити отправляются на поиски Ключника...