2027-ой год. Прошёл ровно год после того, как закончилась неатомная Четвёртая мировая война. Мир нарушает взрыв бомбы. Происшествие начинает расследовать Мотоко Кусанаги.

2027-ой год. Во время взрыва бомбы в Ньюпорт-Сити погибает торговец оружием, связанный с организацией 501. Сотрудник службы безопасности обращается за помощью к Мотоко Кусанаги, чтобы разобраться в этом деле. Тогуса же считает, что Кусанаги сама является преступником, а его расследование убийств проституток связано с этим взрывом.

Действие анимационного фильма разворачивается в Великобритании в XIX веке. Главный герой Джонатан Джостар живёт счастливой и беззаботной жизнью, пока в семейном особняке не появляется Дио Брандо, сын Дарио Брандо, человека, который когда-то спас жизнь его отцу, сэру Джостару. Джонатан, как ни странно, рад такому повороту событий, ведь у него появляется друг. Но герой рано обрадовался: новоиспечённый сыночек решает избавиться от Джонатана, единственного наследника огромного состояния семьи Джостаров, и забрать всё себе.

Кланы ниндзя Кога и Ига с давних времён воевали между собой. Это продолжалось до тех пор, пока между ними не встал лорд Хаттори Ханзо, благодаря которому противники заключили мирный договор. Однако ненависть друг другу не прекратилась. Через года выходцы из враждующих кланов — парень и девушка — решают вступить в брачный союз и покончить с этой древней распрей.