Аюдзава Мисаки учится в старшей школе Сейка, которая раньше была исключительно для мальчиков. Теперь эта школа превратилась в обычную, но до сих пор пользуется дурной славой, так как здесь учатся много хулиганов. Мисаки решает покончить с этим и сделать так, чтобы ученицы чувствовали себя более или менее в безопасности. Она добивается того, что ей передают пост председателя школьного совета и героиня незамедлительно решает привести свой план в действие. Но неожиданно все её старания могут пойти прахом, когда самый популярный парень в школе узнаёт, что Мисаки подрабатывает по вечерам в кафе, переодеваясь в горничную.

В далеком будущем 2/3 населения Земли уничтожено из-за различных природных катаклизмов. От сна пробудились ангелы Тени, бессмертные крылатые создания, цивилизация которых была разрушена 12000 лет назад. Вернувшись, ангелы Тени решили отомстить людям и вновь подчинить себе мир. Но люди не были согласны сидеть, сложа руки, и покорно ждать полного уничтожения. Из руин на дне моря они подняли три вектора — боевые машины, созданные некогда ангелами Тени. Вот уже 11 лет война идет с переменным успехом. Людей становится все меньше, но и мифические звери нередко проигрывают в борьбе с гигантским роботом. И обе стороны ждут появления Солнечного Крыла, реинкарнации ангела Аполлониуса, некогда уничтожившего собственных соплеменников. Ему одному под силу вернуть Древу Жизни былое величие. Но он может встать и на защиту людей, раскрыть истинные возможности Аквариона и уничтожить ангелов раз и навсегда. Судьба мира зависит от его выбора.

Аякаши — это паразитическая форма жизни, которая дает носителю сверхспособности, взамен забирая жизненную силу. Кусака Юуу — студент, который потерял волю к жизни после смерти друга детства, вплоть до момента появления загадочной девушки по имени Ёаке Эйму. Начиная с этого момента, его жизнь никогда не станет прежней. Аякаши и их носители начинают охоту на него, что высвобождает скрытые в Юуу силы и начинается нескончаемая битва.

Микадо Рюгаминэ живёт тихой и спокойной жизнью, проводя больше времени в интернете, чем на улице с друзьями. Неожиданно парень решает кардинально изменить свою жизнь и по совету своего друга Масаоми Киды переезжает в Икэбукуро, самы йтёмный район Токио. Вот уж где не соскучишься! Здесь происходят таинственные события: люди пропадают без вести, аптеки ведут свои тёмные дела, и почти каждый вечер здесь можно наткнуться на разборки местных банд, что уж говорить о Всаднике без головы, который разъезжает по улицам на мотоцикле.

Эйичиро Маруо, ученик старшей школы, скромный отличник и гений, неожиданно осознаёт, что он недоволен своей жизнью. Понимая, что ему не хватает физической нагрузки, он решает заняться спортом. На глаза Эйичиро попадается флаер, в котором сообщается о наборе людей в теннисный клуб. Парень решает, что это судьба и записывается в команду, даже не подозревая какой сложный путь ему придётся преодолеть.

Прошло 6 месяцев после хаоса, произошедшего в Икэбукуро. Горожане вновь живут обычной жизнью, а ученики старших классов радуются каждому дню своей юности. Однако эта идиллия длится не вечно, и на смену умиротворённой жизни приходит полнейшее безумие: нечто неизвестное захватывает город, устраивая ещё один хаос.