Фильм начинается с внезапной смерти второго сёгуна династии Токугава — Хидэтада. Вскоре после этого его старший сын Иэмицу узнаёт, что отец умер не своей смертью. Он был отравлен учителем фехтования Ягю Тадзима, поскольку собирался сделать своим наследником второго сына — Таданагу. Преданный своему воспитаннику Иэмицу, честолюбивый и безжалостный Ягю отравляет Хидэтаду, чтобы не допустить такого поворота событий. Подозрения в насильственной смерти сёгуна приводят к тому, что начинается борьба за престол. Таданага и его сторонники (в том числе и князь Овари) пытаются доказать виновность Иэмицу в смерти отца. Но поскольку доказательств у них нет, то они со своими дружинами в знак протеста оставляют замок сёгунов в Эдо. Иэмицу должен быть объявлен сёгуном Указом императора. Однако императорский двор начинает свою игру. Придворные императора сталкивает сыновей покойного сёгуна в попытке прекратить правление самураев и уничтожить сёгунат Токугава. С этой целью двор медлит с выдачей мандата на титул сёгуна. Чтобы дискредитировать Таданагу и заставить императора выдать мандат на титул сёгуна Иэмицу, Ягю Тадзима устраивает провокацию. Наёмники-ниндзя провоцируют сторонников Таданаги напасть на кортеж Иэмицу, в котором находился посланник императора. Самого Иэмицу в числе путников не оказывается, но посланник императора гибнет в схватке. Ответственность за это ложится на Таданагу. Ягю приказывает уничтожить весь клан ниндзя, чтобы скрыть правду, и празднует победу, поскольку Иэмицу был объявлен третьим сёгуном Токугава. Но Ягю оказался не в состоянии учесть то обстоятельство, что его собственный сын, Дзюбей, состоял в близких отношениях с людьми уничтоженного клана ниндзя. Драматический конфликт шекспировского масштаба завершает фильм.

2027-ой год. Прошёл ровно год после того, как закончилась неатомная Четвёртая мировая война. Мир нарушает взрыв бомбы. Происшествие начинает расследовать Мотоко Кусанаги.

2027-ой год. Во время взрыва бомбы в Ньюпорт-Сити погибает торговец оружием, связанный с организацией 501. Сотрудник службы безопасности обращается за помощью к Мотоко Кусанаги, чтобы разобраться в этом деле. Тогуса же считает, что Кусанаги сама является преступником, а его расследование убийств проституток связано с этим взрывом.

Существует легенда, согласно которой путник, следующий за ароматом Лунного цветка, попадёт в рай. Однако этот запах обнаружит себя не раньше, чем в конце времён. Четыре разных по характеру волка, которые могут оборачиваться людьми, принимают решение найти врата в вечную жизнь.

Четыре волка, способные оборачиваться людьми, отправляются в путь, чтобы отыскать запах таинственного Лунного цветка. Его аромат способен привести странника к райским вратам. Однако пророчество гласит, что он появится только тогда, когда миру будет приходить конец.

Хикару Синдо случайно обнаруживает на чердаке деда старинную доску для игры в го. Но как только мальчик к ней прикасается, из доски высвобождается дух по имени Сай Фудзивара, который когда-то был величайшим игроком в го. Когда призрак, наконец, осваивается в современном, совсем незнакомом для него, мире он просит Хикару позволить ему сыграть в игру, вселившись в своего освободителя.