Помощник окружного прокурора Александра Кэбот возвращается в Нью-Йорк после участия в программе защиты свидетелей, так как её преследователи больше не угрожают её жизни. Она занимает пост главы бюро расследований, где руководит группой молодых специалистов.

Доверять нельзя никому, даже собственным людям. В этом Америка убедилась, когда внутри Белого дома произошёл мятеж, организованный высокопоставленными чиновниками. Мало того, что президент был взят в заложники, так ещё и Агентство национальной безопасности было разгромлено. Однако выживший агент Гиббонс сдаваться не собирается. На борьбу с бунтовщиками он отправляет своего лучшего агента - Дариуса Стоуна.

Неизвестный смертельный вирус уничтожил пять миллиардов человек в 1996 году. Только 1% процент населения планеты остался жить под землёй. В 2035 году осуждённый Джеймс Коул отправляется в прошлое, чтобы выяснить причину возникновения вируса и найти вакцину прежде, чем он начнёт мутировать.