Эта история о переплетении времен и человеческих чувств. Временной отрезок, который охватывает фильм, составляет тысячу лет: действие параллельно развивается в настоящем времени, 2500-м и 1500-м годах. Главным действующим лицом является Томас Крео, который ищет Древо Жизни, сок которого, как говорят легенды, дарует вечную жизнь, чтобы спасти свою смертельно больную жену Изабель.

В центре сюжета — тема экологического апокалипсиса. В жестоком мире, уставшем от бесконечных войн, нет ни дождей, ни растений. Бог решает наказать провинившихся людей. Ноя стали преследовать видения о всемирном потопе, призванном уничтожить всё живое. Тогда он понимает, что на него возложена миссия спасителя.