Антарктида. Учёные ищут давно пропавшую цивилизацию. Подо льдом они находят огромные пирамиды со следами пребывания как людей, так и чужих. Однако это место оказалось не безжизненно. Хищники только и ждали того момента, когда сюда снова придут люди, чтобы приманить чужих. Теперь же они готовятся к решающей битве между расами.

Возвращаясь из дальнего космоса на Землю, космический корабль получает странный сигнал от близлежащей планеты. Они решают отправиться на планету, однако там их ждёт совсем нетёплый приём.

Рабочий Даг Куэйд ведёт однообразную скучную жизнь. Всё меняется, когда ему вживляют воспоминания, после чего он перестаёт отличать реальность от плода фантазии.

Через 200 лет после событий на планете-тюрьме учёные клонируют Элен Рипли, чтобы получить Королеву Чужих. Однако ДНК Элен смешивается с инопланетной ДНК и в итоге получается нечто, откладывающее яйца, с характеристиками человека и пришельца. Это нечто вскоре вырывается из лаборатории и захватывает весь научно-исследовательский корабль «Аурига». Ситуация выходит из под контроля.

Прошло больше пятидесяти лет после того, как капсула с Эллен Рипли потерялась в космосе. Когда она была найдена спасателями, по заданию высшего командования она снова отправляется на страшную планету, с которой еле спаслась. Однако в этот раз ей придётся столкнуться не с одним чудовищем, а с тысячью особей.