С чего началась история Харлока — человека, ставшего вольным пиратом на просторах бескрайнего космоса? С возвращения на Землю капитаном военного корабля, перевозящего беженцев. Была война, и земляне потерпели поражение. Сопротивление ушло в подполье, и только радиовещание на пиратской волне — «Голос свободной Аркадии» — напоминает о том, что земляне продолжают бороться. Отказавшись служить захватчикам и получив нелестную характеристику от капитулировавшего премьер-министра, Харлок становится гражданским и получает продовольственную карточку. Делать нечего: ни оружия, ни корабля у бывшего капитана больше нет, как и средств к существованию, единственный способ не умереть с голоду — использовать карточку, и Харлок отправляется в местную столовую, где знакомится с опустившимся военным — механиком Тотиро…

Япония, середина XIX века. Дзиро — сирота, воспитанный доброй крестьянкой. Однако неожиданно приемную семью Дзиро убивают, а его самого соседи считают убийцей. Все, что осталось у Дзиро, — старинный меч, который называют Божественным.Тэнкай, глава одного из кланов ниндзя, помогает Дзиро отомстить за смерть приемной матери и берет его в свой клан на обучение. Однако вскоре Дзиро осознает, что Тэнкай и его приспешники хотят захватить власть в стране. Не желая иметь с ними ничего общего, юноша убегает из клана и пытается узнать, кем были его настоящие родители. Однако для того, чтобы узнать правду, ему приходится совершить кругосветное путешествие…