Глубоководный археолог Хироши Ибуки — член команды диггеров, работающей на дне моря. Они пытаются раскрыть загадку рождения Земли, но вместо этого находят таинственную колонию бактерий. Восстановленные, древние бактерии пытаются сделать мир пригодным для своей жизни, создавая процесс, который вернул бы Землю на её раннюю основную форму, убив всю нынешнюю жизнь!

Япония, середина XIX века. Отец Тидзуру Юкимуры, талантливый врач и целитель, отправляется в Киото. Спустя некоторое время его дочь начинает серьёзно волноваться, потому что отец обещал отправить весточку, что с ним всё в порядке, но новостей всё нет и нет. Героиня, переодевшись мужчиной и вооружившись семейным мечом, отправляется на его поиски. По дороге на Тидзуру нападают бандиты, но проходившие мимо люди из отряда Шинсенгуми спасают девушку и доставляют в свой штаб. Когда они узнают, что героиня ищет своего пропавшего отца, они неожиданно заявляют, что тоже ведут поиски господина Юкимуры.