У берегов острова Гуам при невыясненных обстоятельствах потерпела крушение американская подводная лодка. Адмирал Татибана убежден, что катастрофа произошла по вине Годзиллы, короля всех монстров, и что спустя почти полвека после первого нападения на Токио Годзилла возвращается, чтобы уничтожить Японию.Чтобы подтвердить или опровергнуть утверждение адмирала, его дочь Юрико, репортер популярной телепрограммы, пытается выяснить, что скрывается за тремя совершенно различными происшествиями, которые случились в трех разных районах страны.Она знакомится с таинственным стариком Исаямой, и он рассказывает Юрико о трех монстрах, контролирующих небеса (Королевская Гибра), морские просторы (Мотра) и земное пространство (Барагон). Только им под силу справиться с разгневанной Годзиллой…

Лейтенант Шаничи Маки с детства мечтал о небе, он служит в ВВС Японии и пилотирует современный самолёт. К сожалению, обязанности часто разлучают его с семьёй, жена Йоко чувствует себя покинутой, а его ребёнок, родившийся ослабленным, может умереть в любое время. Маки решает уйти из армии, чтобы быть со своей семьёй и провести время, которое отпущено его сыну, вместе с ним. Незадолго до увольнения из армии самолет Маки попадает в зону странного излучения, позже он обнаруживает у себя телепатические способности.

Герои японской манги Ультрамен и Ультрабратья объединяются! Им необходимо сразиться с самым могущественным противником, вернувшимся через 20 лет, чтобы разрушить Землю.