Эдвард и Альфонс Элрики, владеющие искусством алхимии, пытались вернуть к жизни свою мать, которая скончалась от болезни. Но бросив такой дерзкий вызов судьбе, они забыли о главном Законе алхимии, который гласит: чтобы получить желаемое, ты должен отдать что-то равноценное этому. Их эксперимент закончился неудачей, вследствие чего Эдвард лишился руки и ноги, а младший брат и вовсе всего тела. Но Эдвард успевает запечатать душу брата в стальных доспехах. Повзрослев и набравшись опыта, братья отправляются на поиски философского камня, который позволяет обойти Закон, чтобы закончить начатое.

Много лет назад Святой Грааль был утерян. Но вот однажды семейство Иггдмилления заявляет, что древний артефакт находится у них, тем самым пошатнув хрупкое равновесие мира. Многие направляются в Румынию, где на данный момент проживают владельцы Грааля, чтобы завладеть им, так как считают, что артефакт должен храниться у самых достойных из достойнейших.

Тайная организация «Акросс» строит планы по захвату мира. Главой этой организации является Ильпалаццио, который только и делает, что изучает английский и музицирует, поручая всю грязную работу Эксель, девушке, которая безумно влюблена в этого ленивого злого гения.

У Кейтаро Урашимы в детстве была подруга, которая рассказала ему, что если двое любящих друг друга поступят вместе в Токийский университет, то они всегда будут вместе. Но семья его подруги переехала, и дети потеряли связь друг с другом. Проходит 15 лет, Кейтаро уже не помнит ту девочку, с которой они вместе проводили дни и поклялись друг другу, что обязательно поступят вместе в университет. Но герой всё ещё не теряет надежды её найти и прилагает все усилия, чтобы поступить в вуз.

Исанами направляется в земли Юкимуры Санады. Храм, где она жила, сгорел, и кроме неё не осталось никого из выживших. Один из монахов перед смертью успел сказать Исанами, чтобы она отправлялась к Санаде, где сможет попросить о помощи. По дороге героиня встречает Киригакурэ Сайзо, ронина, который, сжалившись над беззащитной девушкой, соглашается отправиться с ней в путь.

Неожиданно в самых больших городах мира одновременно рушатся все небоскрёбы. Жестокая атака террористов повергает всех в панику. Доктор Гилмор, создатель девяти киборгов, которые в прошлом спасли мир от гибели, решает снова собрать старую команду и сразиться со злоумышленниками.

Ханамичи Сакураги всегда имел скверный характер, из-за чего его отвергли все девушки, кому он признавался в своих чувствах. Но теперь он идёт в старшую школу, где встречает Харуко Акаги, девушку своей мечты. Но она уже любит Каэдэ Рукаву, который играет в школьной баскетбольной команде. Герой решает побороть своего соперника не только в любви, но и в игре, поэтому он вступает в команду.