Действие разворачивается в мире, где у людей есть карманные монстры - покемоны. У тренера покемонов, Тима, отец исчезает в результате автокатастрофы. Тим встречается с детективом Пикачу и они объединяются, чтобы найти отца Тима и раскрыть тайну его исчезновения.

Приключение перерастает в сражение: на сцену выходит Мьюту, покемон, созданный био-инженерией из ДНК Мью, редчайшего из всех покемонов. Стремясь доказать свое могущество, Мьюту заманивает Эша, Пикачу и остальных на невиданный в истории матч покемонов. Мьюту против Мью. Супер-клоны против покемонов. Это — решающее сражение… от его исхода зависит судьба мира!

Древние предсказания сбываются, когда покемоны Артикуно, Запдос и Молтрес потревожены после веков гармонии. Нарушен баланс природных сил, жизнь на Земле зависит от того, смогут ли мифический покемон Луджия и таинственный «избранный» объединить свои усилия, как это предсказано в легенде. Сможет ли Эш Кетчам набраться смелости и спасти положение?