С чего началась история Харлока — человека, ставшего вольным пиратом на просторах бескрайнего космоса? С возвращения на Землю капитаном военного корабля, перевозящего беженцев. Была война, и земляне потерпели поражение. Сопротивление ушло в подполье, и только радиовещание на пиратской волне — «Голос свободной Аркадии» — напоминает о том, что земляне продолжают бороться. Отказавшись служить захватчикам и получив нелестную характеристику от капитулировавшего премьер-министра, Харлок становится гражданским и получает продовольственную карточку. Делать нечего: ни оружия, ни корабля у бывшего капитана больше нет, как и средств к существованию, единственный способ не умереть с голоду — использовать карточку, и Харлок отправляется в местную столовую, где знакомится с опустившимся военным — механиком Тотиро…

Сюжет вращается вокруг молодого пилота Хикару Ичидзё, его возлюбленной из Макросс-сериала Мисы Хаясе и начинающей певицы Линн Минмэй. Эта история происходит на фоне беспощадной войны между людьми и Зентради (великанами-мужчинами), обладающими космическим флотом из миллионов кораблей. Зентради и Мельтанди (великаны-женщины) живут отдельно друг от друга и являются врагами друг другу. В ходе войны уничтожается практически всё живое на планете Земля со всеми её жителями. В живых остаются исключительно экипаж Макросса и его жители. Во время этой войны Миса Хаясе и Хаикару Ичидзё оказываются на выжженой войной Земле, где находят город-крепость «Протокультуры» и подают сигнал Макроссу.