В далеком будущем Азия стала центром мировой экономики. Полицейские оккупационные власти руководят странами Евразии, жестоко подавляя любые попытки сопротивления. На далеких фронтах не утихает война, природные ресурсы на исходе, и даже в мирных городах Японии лютуют страшные болезни.В связи с возрастающим уровнем смертности населения, правительство решает одобрить новый проект доктора Азумы, лучшего специалиста в области генной инженерии. Суть эксперимента предельно проста — выращивать любые человеческие органы и части тел, и пересаживать их людям в случае надобности. Но проект завершается неудачей — выращенные Азумой тела оживают! Армия клонов развязывает войну против своих же создателей. У человечества остается лишь одна надежда на спасение: Тэтсио — сын доктора Азумы. Погибший на войне, и вернувшийся к жизни благодаря эксперименту отца, Тэтсио наделен необычайной силой, а его тело заключено в особый сверхпрочный скафандр, что делает его практически неуязвимым…

2034-ый год. Минуло 2 года после того, как Мотоко Кусанаги покинула 9-ый отдел. Тогуса — новый руководитель команды, в которой изрядно увеличилось количество персонала. Оперативники сталкиваются со множеством сложных инцидентов и приходят к выводу, что за всеми ними стоит хакер по имени Кукольник.

Действие сериала происходит в недалёком будущем. На Земле таинственным образом начали появляться аномальные зоны, в которых по непонятной причине гибнут и пропадают без вести люди, или же просто наблюдаются странные явления. Хоть эти зоны и были обнесены высокими стенами, их влияние всё же распространилось довольно широко. Люди стали приобретать сверхспособности, за которые им приходиться платить довольно высокую цену. Главный герой Хэй — один из таких людей. Он работает на секретную организацию и ведёт охоту на тех людей, которые не смогли совладать со своими силами.