Согласно альтернативному варианту развития истории, после поражения во второй мировой войне Япония оказалась разделённой между союзниками — северный остров Хоккайдо аннексировал Советский Союз, а Хонсю и другими южными островами овладели американцы.Советы начали сооружать в своей зоне оккупации загадочное сооружение — башню столь исполинских размеров, что трое товарищей-старшеклассников с американского Хонсю, гуляющих вместе в пору школьных каникул, могли отчётливо видеть её контуры, возносящиеся в заоблочную высь. Друзья дали друг другу зарок, что однажды они построят аэроплан и раскроют секрет гигантской башни…

Действие анимационного фильма происходит в феодальной Японии. Главный герой, странствующий Аптекарь, не только занимается торговлей лекарств, но и сражается с мононокэ, неупокоенными разгневанными духами. Чтобы использовать свой магический меч и победить духа, он должен выяснить всё о своём враге: его форму, сущность и желание.