Альтернативная реальность. Токио, 50-ые годы XX века. Город утопает в волнах насилия и жестокости. Подпольная организация «Секта», устраивает массовые беспорядки и терракты. Отвечая на вызов террористов, власти создают особое подразделение — «Волчий отряд», состоящий из специально подготовленных, закованных в броню, неуязвимых, безжалостных убийц.

Мотоко Кусанаги, Бато и другие сотрудники 9-го отдела начинают охоту на танк, который самовольно покинул военный полигон, а также проводят расследование серию загадочных самоубийств андроидов старых моделей. После смерти друга Тогусы агенты нападают на след таинственного хакера, известного под именем Смеющийся Человек.