Мюнхен, 1923 год. Два года прошло с тех пор, как Эдварда Элрика забросило в наш мир из его собственного мира, где остался его родной край, друзья и младший брат, Альфонс. Лишившись возможности применять алхимию, Эд всё это время занимался исследованиями в области ракетной техники вместе с Альфонсом Хайдерихом — молодым человеком, очень похожим на его младшего брата, — надеясь, что таким образом отыщет способ вернуться домой. До сих пор его труды оказывались тщетны, но когда он узнал, что Общество Туле — оккультистская группа, близко связанная с нацистской партией, — обнаружила ключ к местонахождению легендарной, мистической страны Шамбалы, надежды Эдварда вспыхнули с новой силой. Тем временем в своём родном мире Альфонс Элрик все глубже погружается в тайны алхимии, ища способ воссоединиться со своим старшим братом.

Действие сериала происходит в недалёком будущем. На Земле таинственным образом начали появляться аномальные зоны, в которых по непонятной причине гибнут и пропадают без вести люди, или же просто наблюдаются странные явления. Хоть эти зоны и были обнесены высокими стенами, их влияние всё же распространилось довольно широко. Люди стали приобретать сверхспособности, за которые им приходиться платить довольно высокую цену. Главный герой Хэй — один из таких людей. Он работает на секретную организацию и ведёт охоту на тех людей, которые не смогли совладать со своими силами.