Сюжет пятого фильма крутится вокруг самурая Сага, бывшего товарища Зоро. В руки ему попал легендарный звездный меч. Чтобы выпустить наружу всю мощь магического клинка Саге требуются волшебные сферы, которые хранит у себя молодая жрица. Сага уговаривает Зоро бросить команду Соломенной Шляпы и помочь ему отнять сферы.

Мюнхен, 1923 год. Два года прошло с тех пор, как Эдварда Элрика забросило в наш мир из его собственного мира, где остался его родной край, друзья и младший брат, Альфонс. Лишившись возможности применять алхимию, Эд всё это время занимался исследованиями в области ракетной техники вместе с Альфонсом Хайдерихом — молодым человеком, очень похожим на его младшего брата, — надеясь, что таким образом отыщет способ вернуться домой. До сих пор его труды оказывались тщетны, но когда он узнал, что Общество Туле — оккультистская группа, близко связанная с нацистской партией, — обнаружила ключ к местонахождению легендарной, мистической страны Шамбалы, надежды Эдварда вспыхнули с новой силой. Тем временем в своём родном мире Альфонс Элрик все глубже погружается в тайны алхимии, ища способ воссоединиться со своим старшим братом.