В день своего рождения гениальный детектив Конан принимает телефонный звонок. Абонент, изменивший голос, сообщает, что им заложено несколько взрывных устройств и даёт подсказки о том, где каждое из них находится. Профессор Асава считает, что это лишь шутка. Но Конан знает - всё по-настоящему!

Мюнхен, 1923 год. Два года прошло с тех пор, как Эдварда Элрика забросило в наш мир из его собственного мира, где остался его родной край, друзья и младший брат, Альфонс. Лишившись возможности применять алхимию, Эд всё это время занимался исследованиями в области ракетной техники вместе с Альфонсом Хайдерихом — молодым человеком, очень похожим на его младшего брата, — надеясь, что таким образом отыщет способ вернуться домой. До сих пор его труды оказывались тщетны, но когда он узнал, что Общество Туле — оккультистская группа, близко связанная с нацистской партией, — обнаружила ключ к местонахождению легендарной, мистической страны Шамбалы, надежды Эдварда вспыхнули с новой силой. Тем временем в своём родном мире Альфонс Элрик все глубже погружается в тайны алхимии, ища способ воссоединиться со своим старшим братом.

Три века назад Лес пробудился, и Луна низвергла на Землю зловещего Зверя. Род людской обратился в ужас… Ныне мир совсем не похож на то, чем он был до катастрофы. Остатки человечества малочисленны и разобщены: часть пытается сосуществовать с Лесом, другая часть ищет способы покорить то, чего не способна понять. Агито, сын героя, ставит под угрозу уничтожения всех людей, пробудив от векового сна юную Тулу. Увидев, во что превратилась Земля, Тула призывает древнюю технологию, чтобы выстроить новое будущее на останках прежнего мира. Заручившись благословением Леса, Агито должен спасти девушку от самой себя — ведь только так можно уберечь человеческую расу от окончательной гибели.