В недалеком будущем Японией вновь правят императоры. Группа противников монархии пытается свергнуть правительство, которое обращается за помощью к наемным убийцам из клана Такэмикадзути.В гуще кровавой борьбы между наемниками и заговорщиками, Юки, последняя из древнего клана, завязывает неожиданную дружбу с одним из мятежников. Их объединяет общая цель: отомстить коварному предателю и спасти страну от хаоса.

Чтобы защитить страну от Годзиллы, если она вдруг опять нападет на Японию, ученые сконструировали Механическую Годзиллу — гигантского управляемого робота, наделенного всеми функциями, имеющимися у живого монстра.В процессе создания робота были использованы полностью органические ткани организма монстра, выращенные искусственным образом из молекул ДНК Годзиллы, которые были сохранены с 1954 года, со времени первого нападения чудовища на Японию. Настоящий монстр Годзилла, конечно, просыпается и идет крушить японцев. Те выставляют на бой Меха-Годзиллу.

Прошел год после битвы Годзиллы с Механической Годзиллой. И вот новое предупреждение: японцы должны вернуть океану все, что они сохранили от первого нашествия Годзиллы. И кости, и органические ткани, — абсолютно все, вплоть до молекул ДНК, необходимо отправить в бездну вод, чтобы получить шанс на спокойную жизнь. Предупреждение это исходит от другого легендарного монстра — от Мотры, которая всегда была лютым врагом Годзиллы. И Годзилла не заставляет себя долго ждать: чудовище выходит из моря, чтобы сразиться с Мотрой и с Меха-Годзиллой…

Что может быть ужаснее для полицейского чем то, что когда он собирается жениться и разыскивает жестокого убийцу, преступник и его коварный помощник разбивает его семейное счастье и буквально вырывает сердце из груди его любимой? Это — то, что произошло с героиней Мины. После её убийства, Мина отправляется к Вратам Гнева, где Хранительница Изако, с мечом за поясом, одетая в черное, сообщает Мине, что она может выбрать один из трёх путей: смириться со своей смертью и отправиться в Рай, отправиться в мир живых, нарушая их покой бесплотным призраком или обрушить проклятие на своего убийцу, для того чтобы после этого низвергнуться в Ад…