Двойная жизнь тяготит Питера Паркера, и ради собственной счастья он решает убрать костюм Человека-паука подальше в шкаф и начать жить обычной нормальной жизнью. У него прекрасные отношения с Мэри Джейн и блестящие успехи в учёбе. Однако его лучший друг Гарри Озборн, ставший Зелёным Гоблином всё равно жаждет мщения, а над городом вновь нависла угроза в виде Песочного Человека. Тем не менее это не самые страшные противники Питера, самым серьёзным его врагом станет его собственная тёмная сторона.

Питер Паркер - школьный ботаник и вечный неудачник, который влюблён в свою одноклассницу, но боится признаться в этом. Однажды после похода на экскурсию в лабораторию жизнь Питера кардинально меняется. Случайно его кусает паук-мутант, и Питер из простого школьника превращается в супергероя. У него появляется огромная сила, ловкость, а главное он может создавать прочную паутину! Питер решает замаскироваться и послужить на благо своего города, ежедневно очищая его от преступников. Однако на любую силу всегда найдётся другая сила: в городе появляется Зелёный Гоблин...

Вот уже два года Питер Паркер пытается совместить две жизни в одной: героя Человека-паука и обычного студента. Из-за того, что он постоянно вынужден многое скрывать, Питеру не легко общаться со своими близкими. Его дружба с Гарри омрачается тем, что тот не может не о чём думать кроме как о мщении Человеку-пауку за смерть отца, а тётушка Мэй не может нормально общаться с племянником, потому что Питер рассказал ей обстоятельства смерти дяди Бэна. Тем временем в городе вновь появляется злодей - доктор Отто Октавиус, с которым может справиться только Человек-паук.