Анимационные приключения школьников, путешествующих всем классом на корабле. Всё начинается, когда секретный агент, который спрятался на судне, берёт детей в заложники. Не сомневайтесь, они могут дать достойный отпор!

Обрушившееся на Землю катастрофа названная «Вторым Ударом» погубила большую часть человечества. После многих лет ушедших на восстановление после этого ужасного бедствия, на человечество неожиданно нападают загадочные существа, называемые Ангелами. 14-летний подросток, Икари Синдзи, получает от отца, являющегося командующим секретной военной организации Nerv, приглашение в город-крепость Токио-3. Во время первого нападения Ангела, когда Синдзи прибывает в Токио-3 — отец требует от него, чтобы тот немедленно приступил к пилотированию Евангелиона, — человекоподобного робота, разработанного в режиме секретности. Синдзи испуган и отказывается сесть в машину. Но видя, что единственным человеком способным пилотировать её оказывается тяжело раненая Рэй Аянами, Синдзи соглашается занять место пилота.