Действие анимационного фильма происходят спустя один год после событий, о которых рассказывалось в предыдущей ленте, где Титсуро и его мать Мател избавили вселенную от Механизированной Империи. Теперь им придётся постараться ещё раз, чтобы освободить галактику от тёмных сил.

Студент Кейити Морисато ошибся номером и дозвонился… в Божественную Службу Помощи! Появившаяся в его комнате Верданди, богиня-сотрудница этой самой службы, объяснила, что выполнит любое его желание, но только одно. Недолго думая, Кейити пожелал, чтобы она осталась с ним навсегда. Но его желание исполнилось… Правда, после этого Кейити вышвырнули из общежития, и ему пришлось искать новое прибежище. А тут ещё сестрёнки Верданди — Урд и Скульд — свалились как снег на голову!

Однажды в Каракуре произошёл следующий случай. В городе появилась группа созданий, именуемых «полыми». Рукия Кучики и Ичиго Куросаки отправились в разведку, по пути обнаружив проводника душ Сэнну. Впрочем, помимо имени её меча, никакой больше информации о ней нет. О принадлежности к какому-либо отряду она также не упоминает.В Сообществе душ также неспокойно. В небе над Сэйрэтэй образовалась проекция мира живых. Объявлено чрезвычайное положение, проводится срочное расследование данного случая. Для некоторых проводников душ это событие послужило знаком приближающегося конца. Если баланс между Сообществом душ и реальным миром пошатнется, оба мира могут пострадать. Тем временем, Тосиро Хицугая получает специальный приказ…

Из Общества душ украдена «Королевская печать», на поиски которой отправляется капитан Тосиро Хицугая, но после сражения с ворами пропадает, поэтому в Обществе душ объявляют его предателем и приговаривают к смертной казни. Ичиго Куросаки, Рукия Кучики, лейтенант Рангику Мацумото и Рэндзи Абарай не верят, что Тосиро способен совершить такое преступление. Они хотят очистить его имя от подозрений.

Обрушившееся на Землю катастрофа названная «Вторым Ударом» погубила большую часть человечества. После многих лет ушедших на восстановление после этого ужасного бедствия, на человечество неожиданно нападают загадочные существа, называемые Ангелами. 14-летний подросток, Икари Синдзи, получает от отца, являющегося командующим секретной военной организации Nerv, приглашение в город-крепость Токио-3. Во время первого нападения Ангела, когда Синдзи прибывает в Токио-3 — отец требует от него, чтобы тот немедленно приступил к пилотированию Евангелиона, — человекоподобного робота, разработанного в режиме секретности. Синдзи испуган и отказывается сесть в машину. Но видя, что единственным человеком способным пилотировать её оказывается тяжело раненая Рэй Аянами, Синдзи соглашается занять место пилота.

Мима Киригоэ — одна из участниц поп-группы. Девушка решает сменить род деятельности и пробует стать актрисой. Далеко не все её поклонники рады такому решению, особенно в такого рода неприятии преуспевает парень, называющий себя Мэ-манией. Чем дальше Мима продвигается по новой стезе, тем больше близких людей начинают умирать насильственной смертью, а сама героиня начинает терять грань между реальностью и вымыслом.

Когда встречаются два вспыльчивых человека, да ещё к тому же мастерски владеющие мечом, битвы не избежать. Вот и встреча Мугэна и Дзина не стала исключением. В ходе их сражения они спалили таверну и убили сына местного префекта, за что и попали в тюрьму. Неизвестно чем всё закончилось бы, если юная девушка по имени Фуу, которая была свидетелем их битвы, не решила их спасти. Взамен она просит помочь ей отыскать таинственного самурая, «пахнущего подсолнухами».

Ханамичи Сакураги всегда имел скверный характер, из-за чего его отвергли все девушки, кому он признавался в своих чувствах. Но теперь он идёт в старшую школу, где встречает Харуко Акаги, девушку своей мечты. Но она уже любит Каэдэ Рукаву, который играет в школьной баскетбольной команде. Герой решает побороть своего соперника не только в любви, но и в игре, поэтому он вступает в команду.

Прошло 6 месяцев после хаоса, произошедшего в Икэбукуро. Горожане вновь живут обычной жизнью, а ученики старших классов радуются каждому дню своей юности. Однако эта идиллия длится не вечно, и на смену умиротворённой жизни приходит полнейшее безумие: нечто неизвестное захватывает город, устраивая ещё один хаос.