Бан Мидо и Джинджи Амано, два несовершеннолетних правонарушителя из Токио, широко известны в узких кругах за весьма специфические услуги, которые они оказывают – возврат утерянного. Парни обладают сверхъестественными способностями, Джинджи может генерировать телом тысячи вольт подобно электрическому угрю, а Бан наделён возможностью вытягивать из людей воспоминания о прошлом. Проблема заключается в одном – парням никогда не удаётся получить плату за выполненную работу.

Обрушившееся на Землю катастрофа названная «Вторым Ударом» погубила большую часть человечества. После многих лет ушедших на восстановление после этого ужасного бедствия, на человечество неожиданно нападают загадочные существа, называемые Ангелами. 14-летний подросток, Икари Синдзи, получает от отца, являющегося командующим секретной военной организации Nerv, приглашение в город-крепость Токио-3. Во время первого нападения Ангела, когда Синдзи прибывает в Токио-3 — отец требует от него, чтобы тот немедленно приступил к пилотированию Евангелиона, — человекоподобного робота, разработанного в режиме секретности. Синдзи испуган и отказывается сесть в машину. Но видя, что единственным человеком способным пилотировать её оказывается тяжело раненая Рэй Аянами, Синдзи соглашается занять место пилота.

Шики Тоно в детстве получил почти смертельную травму, после чего у него начались проблемы со здоровьем, а его глаза начали видеть то, что в принципе видеть не положено нормальному человеку. Так как старшеклассник происходит из одной из самых влиятельных и богатых семей, его отец, не желая иметь с сыном проблем, отсылает его к дяде с тётей. После смерти главы семьи младшая сестра Шики, Акиха, которая теперь стала главой клана Тоно, зовёт своего брата в родное поместье. Герой рассчитывает на то, что его ждёт спокойная жизнь, но он глубоко ошибается.