В результате поражения Японии во Второй Мировой Войне, крошечный остров Шикотан перешёл к СССР, войдя в состав Сахалинской области. В этих новых условиях завязывается дружба детей из двух стран, ещё недавно считающихся враждующими.

Госпожа Юко получает письмо от таинственного отправителя. В числе других фанатичных коллекционеров она приглашена на аукцион, который будет проходить в старинном особняке. Как и остальные, она принимает приглашение, надеясь украсить коллекцию редким экземпляром. Но в течение ночи происходят странные события, коллекционеры исчезают один за другим. Что это за аукцион? Кто является хозяином особняка? Добраться до сути могут только ведьма Юко и её помощник Ватануки.

Обрушившееся на Землю катастрофа названная «Вторым Ударом» погубила большую часть человечества. После многих лет ушедших на восстановление после этого ужасного бедствия, на человечество неожиданно нападают загадочные существа, называемые Ангелами. 14-летний подросток, Икари Синдзи, получает от отца, являющегося командующим секретной военной организации Nerv, приглашение в город-крепость Токио-3. Во время первого нападения Ангела, когда Синдзи прибывает в Токио-3 — отец требует от него, чтобы тот немедленно приступил к пилотированию Евангелиона, — человекоподобного робота, разработанного в режиме секретности. Синдзи испуган и отказывается сесть в машину. Но видя, что единственным человеком способным пилотировать её оказывается тяжело раненая Рэй Аянами, Синдзи соглашается занять место пилота.

2034-ый год. Минуло 2 года после того, как Мотоко Кусанаги покинула 9-ый отдел. Тогуса — новый руководитель команды, в которой изрядно увеличилось количество персонала. Оперативники сталкиваются со множеством сложных инцидентов и приходят к выводу, что за всеми ними стоит хакер по имени Кукольник.