1614 год. Япония, наконец, объединилась под властью первого сёгуна Токугава. Генноске из клана Кога и Оборо из клана Ига остаются последней надеждой двух деревень, разрываемых трагедией беспрерывной мести. Их благословенная любовь должна принести мир страдающим ниндзя, населяющим деревни.Однако заговор Токугавы снова сеет вражду между ними. Генноске выступает в защиту мира, а Оборо выбирает сражение как средство разрешения конфликтов. И теперь, когда им предстоит встретиться как врагам, смогут ли они сохранить свою божественную любовь?

Прошел год после битвы Годзиллы с Механической Годзиллой. И вот новое предупреждение: японцы должны вернуть океану все, что они сохранили от первого нашествия Годзиллы. И кости, и органические ткани, — абсолютно все, вплоть до молекул ДНК, необходимо отправить в бездну вод, чтобы получить шанс на спокойную жизнь. Предупреждение это исходит от другого легендарного монстра — от Мотры, которая всегда была лютым врагом Годзиллы. И Годзилла не заставляет себя долго ждать: чудовище выходит из моря, чтобы сразиться с Мотрой и с Меха-Годзиллой…