Фильм представляет собой биографическую драму о жизни пастора Эдварда Дж. Флэнэгэна, который основал приют для обездоленных и трудных подростков, назвал его «Город мальчиков» и посвятил свою жизнь служению этому великому делу. Отец Флэнэгэн считает, что не существует такой вещи, как «плохой мальчик» и проводит свою жизнь, пытаясь это доказать. Он борется с безразличием правовой системы и общества, а зачастую и самих мальчиков, чтобы построить святилище, в котором ребята имеют свое собственное правительство, создают свои собственные правила, и сами решают — какое нарушение какого заслуживает наказания.

Сюзан Эпплгэйт, устав от года проведенного в Нью-Йорке и безуспешного поиска работы, возвращается домой в Айову. К несчастью, у нее не хватает денег на билет, и она вынуждена выдать себя за 12-летнюю девочку, чтобы купить билет за полцены. В поезде, вычисленная контролерами, она прячется в купе майора Филипа Кирби, который близорук и верит ей. Влюбившись в майора Сюзан следует за ним в военную школу, однако, дальнейшее осложняется появлением его невесты и тем, что близорукий майор все еще считает Сюзан — 12-летней «Сю-Сю»…