В большом городе Академграде, который получил своё название из-за большого количества школьников и студентов, учащихся здесь, живёт и Тома Камидзё. Парень — один из многих людей, который обладает сверхъестественными силами, здесь это не редкость. Однажды Тома встречает странную девушку по имени Индекс, которая одета в балахон монахини. Эта девушка тоже владеет магией и ко всему прочему в голове у неё содержится 103 тысячи запрещённых гримуаров. Неудивительно, что многие хотят заполучить Индекс, и использовать её в плохих целях, посылая за ней целые отряды охотников. Тома, как истинный рыцарь, не бросает девушку в беде и встаёт на её защиту.