2034-ый год. Минуло 2 года после того, как Мотоко Кусанаги покинула 9-ый отдел. Тогуса — новый руководитель команды, в которой изрядно увеличилось количество персонала. Оперативники сталкиваются со множеством сложных инцидентов и приходят к выводу, что за всеми ними стоит хакер по имени Кукольник.

Кланы ниндзя Кога и Ига с давних времён воевали между собой. Это продолжалось до тех пор, пока между ними не встал лорд Хаттори Ханзо, благодаря которому противники заключили мирный договор. Однако ненависть друг другу не прекратилась. Через года выходцы из враждующих кланов — парень и девушка — решают вступить в брачный союз и покончить с этой древней распрей.