В 4 веке н. э. Узо, сын императора Кейко должен был наследовать престол, но вассал императора Отомо поставил на сводного брата Узо. Он решил отправить Узо на неминуемую смерть. Но храбрый Узо победил врагов и вернулся на родину с честью и новым именем — Ямато Такеру. Отомо плетет новый заговор, но боги помогают герою во всех начинаниях.

Небольшой японский городок лежит в руинах. В ходе военного расследования обнаруживается гигантский боевой робот под названием Могера, принадлежащей расе инопланетян с планеты Мистероид. Пришельцы требуют у властей выделить им кусок земли, на котором они могли бы отстроить свою базу и развлекаться с земными женщинами. Получив отказ, мистериане переходят в атаку.

От ядерных взрывов пробудились древние чудища в горах. Это гигантские насекомые, гадкие и агрессивные. А затем появляются огромные птеродактили, летающие со сверхзвуковой скоростью.

Спасатели находят жертв недавнего кораблекрушения на острове Бейру, на котором ранее проводились испытания ядерного оружия. К их удивлению, у выживших не наблюдается никаких признаков воздействия радиации. В ходе исследования острова учёные встречают множество странных вещей, а также двух крошечных фей, которых лидер экспедиции решает похитить и забрать с острова. Но на его беду эта парочка имеет телепатическую связь с гигантским мотыльком по имени Мотра, который немедленно вылетает на выручку своим феям.

Увесистый метеорит падает на Землю и приносит с собой злобного трёхголового дракона — Короля Гидрана. Заодно от спячки пробуждаются Годзилла и Родан, которые начинают топтать японские войска, а также друг друга. Тогда разумная гигантская бабочка Мотра решает убедить парочку не драться между собой, а объединиться против инопланетного супостата.