Спасатели находят жертв недавнего кораблекрушения на острове Бейру, на котором ранее проводились испытания ядерного оружия. К их удивлению, у выживших не наблюдается никаких признаков воздействия радиации. В ходе исследования острова учёные встречают множество странных вещей, а также двух крошечных фей, которых лидер экспедиции решает похитить и забрать с острова. Но на его беду эта парочка имеет телепатическую связь с гигантским мотыльком по имени Мотра, который немедленно вылетает на выручку своим феям.

Долгие годы жители поражённого радиацией островка в Тихом океане поклонялись своему божеству — гигантской бабочке Мотре и заодно её огромному яйцу, из которого в своё время должна была вылупиться новая Мотра. Так продолжалось до тех пор, пока на остров не налетел тайфун, который смыл драгоценное яйцо в море и прибил к берегам Японии, где его выловила бригада рыбаков.Мотра в сопровождении двух своих фей-хранительниц обратилась к людям с просьбой вернуть яйцо обратно, но получила отказ: находка уже попала в руки крупной корпорации, решившей превратить яйцо в прибыльный аттракцион для туристов. Впрочем, когда страну вновь начал терроризировать Годзилла, людям ничего не оставалось, кроме как признать свою ошибку и просить Мотру о защите.

Увесистый метеорит падает на Землю и приносит с собой злобного трёхголового дракона — Короля Гидрана. Заодно от спячки пробуждаются Годзилла и Родан, которые начинают топтать японские войска, а также друг друга. Тогда разумная гигантская бабочка Мотра решает убедить парочку не драться между собой, а объединиться против инопланетного супостата.