Драма рассказывающая о взаимоотношениях между Йошида, который хочет быть вместе со своей девушкой Айхарой, и его другом Ито, чья любовь к нему похоже не имеет большого будущего. После того как Айхара узнает о чувствах Ито, она пытается дистанцироваться от Йошида.

Сюжет фильма-катастрофы построен на предположении, что в будущем Японии грозит погружение в океан, ввиду неизбежных тектонических процессов, происходящих в земной коре. В ходе научной экспедиции, изучающей подводные тектонические разломы, ученые понимают, что должна случиться катастрофа, которая приведет к гибели Японии. Один из ученых, несмотря на риск потерять свой авторитет, предупреждает о сделанном открытии и возможной катастрофе правительство и предлагает подготовить население страны к возможной эвакуации. Однако, никто не прислушивается к его словам.

Инопланетные захватчики направляют для порабощения Земли двух космических монстров с дистанционным управлением. В противовес им выдвигается Годзилла и другой динозавроподобный ящер — Ангирус.

У берегов острова Гуам при невыясненных обстоятельствах потерпела крушение американская подводная лодка. Адмирал Татибана убежден, что катастрофа произошла по вине Годзиллы, короля всех монстров, и что спустя почти полвека после первого нападения на Токио Годзилла возвращается, чтобы уничтожить Японию.Чтобы подтвердить или опровергнуть утверждение адмирала, его дочь Юрико, репортер популярной телепрограммы, пытается выяснить, что скрывается за тремя совершенно различными происшествиями, которые случились в трех разных районах страны.Она знакомится с таинственным стариком Исаямой, и он рассказывает Юрико о трех монстрах, контролирующих небеса (Королевская Гибра), морские просторы (Мотра) и земное пространство (Барагон). Только им под силу справиться с разгневанной Годзиллой…

После многих лет затишья Годзилла вновь объявляется у берегов Японии и уничтожает рыболовное судно. Опасаясь новой вспышки слухов и паники, японские власти изолируют единственного выжившего моряка, но после того, как Годзилла нападает на советскую ядерную подводную лодку, скрывать правду становится бессмысленно и опасно.