В 2133 году, после глобальной войны в которой погибло более половины населения земли, город Олимп стал маяком надежды в мире разрушений и страданий. Олимп — утопия, которой управляет суперкомпьютер Гайа, а важные политические посты занимают искусственно спроектированные люди-биороиды — которым неведомы эмоции злости или ненависти.Дюнан Нант — молодая, но профессиональная военная, и Бриарюс — элитный солдат с телом киборга — напарники и возлюбленные, вместе охраняют покой идеального общества будущего.Старых друзей подвергают нешуточному испытанию, когда напарником Дюнан назначают Терея — экспериментального биороида-воина, созданного на основе ДНК Бриарюса и как две капли воды похожего на его настоящее тело.

Мотоко Кусанаги, Бато и другие сотрудники 9-го отдела начинают охоту на танк, который самовольно покинул военный полигон, а также проводят расследование серию загадочных самоубийств андроидов старых моделей. После смерти друга Тогусы агенты нападают на след таинственного хакера, известного под именем Смеющийся Человек.

2034-ый год. Минуло 2 года после того, как Мотоко Кусанаги покинула 9-ый отдел. Тогуса — новый руководитель команды, в которой изрядно увеличилось количество персонала. Оперативники сталкиваются со множеством сложных инцидентов и приходят к выводу, что за всеми ними стоит хакер по имени Кукольник.