Прошло 6 месяцев после событий сериала. Акира пропал оставив напоследок только прощальное сообщение для Саки. О том что будет её ждать «там где всё началось». Собрав вещи Саки отправляется в Нью-Йорк на встречу новым приключениям. Так начинается новая глава этой захватывающей и неповторимой истории, где наши герои вновь сразятся с оставшимся Селесао ради спасения Японии.

После поступления в старшую школу Юси Инаба начинает искать себе жильё, так как общежитие при школе сгорело. Он находит комнату в красивом старом здании. Всё бы хорошо, только Юси обнаруживает, что в его новом доме люди и всевозможные сверхъестественные существа - призраки, духи - проживают вместе.

Старшеклассник Лайт Ягами находит тетрадь. Внутри он находит инструкцию, которая гласит, что это тетрадь бога смерти и тот, чьё имя будет в ней записано, умрёт. Заинтригованный герой решает проверить правда ли это, занеся в тетрадь имя преступника, которого показывали в новостях. Обнаружив, что тетрадь смерти подлинная, Лайт решает взять на себя ответственность по уничтожению всех преступников, незаметно для себя становясь убийцей.