Гохан и Видель спасают странного старика, который рассказывает им историю о легендарном войне, запечатавшем себя в шкатулке. Шкатулку эту старик уже давно и безуспешно пытается отворить. Никто из героев открыть её не смог, поэтому решено было призвать Шен-Лонга и попросить его сделать это. Вместе с легендарным воином по имени Тапион появились и неприятности…

Действие происходит в 2015 году. За 15 лет до этого (13 сентября 2000 года) при таинственных обстоятельствах произошла ужасная катастрофа — всеобщее потепление или Второй Удар (после Первого Удара погибли динозавры). Растаяли льды Антарктиды, погибло три четверти человечества, большая часть суши оказалась под водой.Секретная организация «NERV», действующая под эгидой ООН, создает Токио-3 — огромную военную базу. Задача Токио-3 — защита человечества от начавших появляться на Земле таинственных гигантских Ангелов или Посланников. Единственное оружие, могущее им противостоять — пилотируемые биороботы серии «Евангелион». Однако управлять «Евами» могут только подростки, зачатые после Второго Удара.Первым боевым пилотом «Евы» становится четырнадцатилетний Икари Синдзи, сын руководителя «NERV» Икари Гэндо, — замкнутый и необщительный подросток, тяжело переживающий свое отдаление от отца. Схожими проблемами страдают не только другие юные пилоты, но и взрослые сотрудники «NERV», от которых их высокое начальство скрывает истинный смысл проекта — наступление окончательного Конца Света…

Это продолжение первого сезона сериала о девушке, по имени Энжи, ставшей Звездой надежды. После битвы с Духом Сэкриа, Коридор измерений оказывается разрушенным, а Энжи запертой во вселенной Сэйдзю. Королева Вселенной таинственным образом исчезает, а баланс Сэкриа вот-вот нарушится. Для спасения вселенной необходимо найти девять Хранителей и спасти королеву. Справится ли Энжи со столь сложным заданием? Сможет ли она вернуться во вселенную Синтё к своим друзьям?

Обрушившееся на Землю катастрофа названная «Вторым Ударом» погубила большую часть человечества. После многих лет ушедших на восстановление после этого ужасного бедствия, на человечество неожиданно нападают загадочные существа, называемые Ангелами. 14-летний подросток, Икари Синдзи, получает от отца, являющегося командующим секретной военной организации Nerv, приглашение в город-крепость Токио-3. Во время первого нападения Ангела, когда Синдзи прибывает в Токио-3 — отец требует от него, чтобы тот немедленно приступил к пилотированию Евангелиона, — человекоподобного робота, разработанного в режиме секретности. Синдзи испуган и отказывается сесть в машину. Но видя, что единственным человеком способным пилотировать её оказывается тяжело раненая Рэй Аянами, Синдзи соглашается занять место пилота.

15 лет назад на Землю обрушилась ужасная катастрофа, которая унесла жизни многих людей. Вместе с катаклизмом на планету стали нападать Ангелы, чужеродные боевые машины, наделённые огромной силой и способные уничтожить целые города. Чтобы дать отпор незваным гостям, тайная организация NERV создаёт Евангелионы, боевые машины из органического материала, управлять которыми могут лишь несколько избранных подростков, рождённые спустя 9 месяцев после первого вторжения Ангелов. Один из таких ребят - Сидзи Икари, сын главы организации NERV. После смерти матери мальчик надеялся, что теперь, когда отец пригласил его в Токио, они, наконец, сблизятся, найдут общий язык и станут настоящей семьёй, но вместо этого он попадет на настоящую войну. Сможет ли он вместе со своими друзьями, молчаливой Рэй Аянами и дерзкой Аской Сорью-Лэнгли, защитить планету от Ангелов, которые с каждым разом становятся всё сильнее, приближая час Апокалипсиса?